Ce nom provient d’une déformation de Boe An Aon (baie du ruisseau) en Boe an Anaon (baie des âmes en peine).
On pense aujourd’hui que la baie servait de lieu d’embarquement des dépouilles de druides morts vers l’Île de Sein pour leur inhumation.
Suivant la légende locale, la ville d’Ys s’élevait dans le marais.